Tutorial experimental para a dinâmica molecular da adenosina deaminase de Edwardsiella tarda em água

Abstract

A bactéria Gram-negativa Edwardsiella tarda é responsável pela edwardisielose, uma doença hemorrágica de peixes, que conduz a grandes perdas econômicas em todo o mundo. O conhecimento das moléculas envolvidas em processos bioquímicos de E. tarda é importante para o desenvolvimento de novos alvos terapêuticos e/ou profiláticos. Uma dessas moléculas é a adenosina deaminase, envolvida no processo de maturação do tRNA, através da conversão de adenosina em inosina, ainda não caracterizada em E. tarda. A caracterização de uma proteína é melhor conduzida quando se conhece as suas particularidades estruturais. Uma das principais ferramentas de caracterização estrutural é a dinâmica molecular. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi de proporcionar um tutorial facilitado de dinâmica molecular utilizando o GROMACS, bem como, estabelecer a dinâmica molecular in silico da adenosina deaminase de E. tarda. Os dados gerados apontaram que a estrutura da adenosina deaminase é estável, tanto do ponto de vista estrutural, quanto de enovelamento. O uso da dinâmica molecular pode auxiliar na escolha de novos alvos terapêuticos, sobretudo, no desenho racional de fármacos.